у линукса немного другая идеология. там подавляющее большинство программ обучено работать под пользователем, а часть под рутом вообще не запустится. при этом при необходимости, легко и непринужденно программа запускается от рута. В винде же пользователь рут по умолчанию. И огромное количество софта просто не работает под пользователем(справедливости ради, потихоньку ситуация исправляется). в NT6+ ввели подобие sudo, ограничивающее права. Но, как показала практика, вирусы легко и непринужденно его обходят. Именно в силу этого различия, заложенного в систему изначально, и появилась такая туча вирусов под винду, и отсутствие вирусов под пингвина.